@Geoffrey je ne suis pas certain que changer de module va solutionner le soucis (sauf peut être si c'était une génération précédente).
Au bout d'un moment
c'est assez relatif, genre 1 heure 1 jour 1 mois ?
Tu peux regarder dans ce repo, pour programmer les chip FTDI (ancienne génération) j'utilisais usb_modeswitch qui faisait comme si tu plug/unplug le dongle physiquement.
https://github.com/ch2i/ftx_prog/blob/master/flash_replug.sh
Peut être voir avec ça pour glisser un reset du port USB qui contient le dongle (tt les nuits par exemple) parce que pour planter le PI je vois pas bien comment un USB/Serial à lui tout seul fait ça, sauf si le "lecteur" à des fuites mémoires ou qu'un autre process accède à l'interface.